заочно не защитите...
Вопрос сложный НИОКР никто толком в России защищать не умеет, или надо за рубежом оформлять или попробуйте поговорить с патентными поверенными, может они Вам как авторские разработки ваших сотрудников оформят
На Украине мы столкнулись тоже с этой проблемой, у нас есть фарм. завод который хотел продать технологию производства фарм. препарата польскому предприятию, сначала обратились в Украинский институт промышленной собственности, но там нам сказали, что у нас НИОКР и они оформить как изобретение не смогут, потом искали по всей Украине юриста в этой сфере - не нашли.
Нам надо было обезопасить себя, чтобы наши партнеры из Польши не стали заниматься плагиатом, а платили лицензионные отчисления за нашу разработку, но поляки потребовали документального оформления НИОКР.
Пошли к патентным поверенным Украины и России - но никто не хотел браться за заказ. Потом сами поляки посоветовали обратиться в одну европейскую компанию - Астон Альянс, которая занимается этими вопросами, они в основном работают по Европе, но к нам отправили представителя и потом все оформили, правда дороговато получилось, но сами мы бы не справились. Сделка состоялась. Оказывается НИОКР можно защитить по компонентам и т. п. Так что ищете для своего завода специалистов в области авторского права, патентные эксперты не любят заморачиваться с этим.
Также советую составить коллективный договор с авторами и вести аналитических учет по расходам на НИОКР, потом каждая учтенная копейка пригодится.