Муниципальная служба. Плановый отпуск - конец июля и конец ноября. Можно в майские взять 3 дня, чтобы отдыхать с 1 по 12

Можно.

напишите заявление в счет очередного отпуска 3 дня, а из очередного отпуска выйдете раньше на 3 дня, но эти дни будут оплачены в очередном отпуске.

Как с руководством договоритесь, так и будет.