Прямых поездов нет, есть только прицепной вагон до Амстердама, который делает остановку в Кельне, но этот поезд ходит по специальному графику. Придется вам ехать на поезде Москва - Берлин, а там на поезде Deutsche Bahn в Кельн. Билеты на поезда из Москвы в Берлин продаются только в кассах, из Берлина в Кельн билет можно купить онлайн - http://www.bahn.de/p/view/index.shtml
Поезд №21 Москва - Прага, ВБС Москва - Базель. Ехать до Франкфурта. Отправление из Москвы 23-44, прибытие во Франкфурт 6-40 через две ночи. В 7-27 уходит поезд ICE 226 Франкфурт - Амстердам, который следует через Кёльн. Ехать час с копейками. В 7-42 есть также поезд ICE 1028 Нюрнберг - Гамбург. Он не такой быстрый (прибытие в Кёльн 10-10), но существенно дешевле, чем предыдущий.