Имеет ли право работодатель требовать с работника объяснительную по причине раннего ухода на обед в 11 ч. 59 мин. 30 сек

Бред какой-то. во первых как точно можно определить что время ухода было точно до секунд.

такое чуство, что мы с вами в одном отделе работаем.

Имеет. На проходной обязательно должны висеть часы. Можно на них сослаться, что они спешили и показывали уже 12. или время нечетко видно на них и проч. Много зависит от того, каким образом был зафиксировано время ухода с работы. Можно сослаться и на радио, что там сказали, что уже 12, если часов нет. Ну, по месту это видно больше.

Имеет, если начало обеденного перерыва в 13 часов. А так напиши, что часы спешат.

а это где-то отслеживалось? (электронные пропуска) ? Существует ли регламент в котором четко прописаны часы перерыва на обед? Если регламента нет. То смотрим трудовой договор. Если в нем нет точного времени а есть только (один час или 45 минут) , то требовать он не имеет право. и ты можешь на все это сослаться... но опять же.. придирки. Значит ищем другую работу!!!

Уволить все равно он не сможет. Даже если Вы объяснительную не предоставите. Ну если только захочет судью рассмешить.
P.S. Так и напишет в приказе об увольнении: Уволен за фальстарт!

если сдельная как это отражается на убытке? если на окладе напишите что к работе приступаю раньше ухожу позже. то что часы идут не точно так это бывает.