причины по которым работодатель может не подписать учебный отпуск?

Да без всяких причин! Сейчас работодатели что хотят, то и делают, и на ТК РФ им наплевать! Скажут: "Увольняйся! Не нужны нам ученики, кто работать будет? " И не оплачивают!

нет справки-вызова с учебного заведения.

если нет подтверждения из учебного заведения, т. е. нет справки-вызова

Если Ваш работодатель направлял Вас на обучение и заключал с Вами договор, то отпустить обязан после предъявления справки-вызова. Если Вы обучаетесь самостоятельно и в Вашей специальности работодатель не нуждается, то и в уч. отпуск вправе отпустить за свой счет либо не отпустить