Для чего 'for' в 'What you crying for?' и почему в конце предложения?

1. Во-первых, предлоги вообще в вопросительном предложении часто уходят в самый конец:
Who did you go to the cinema with? - С кем ты ходил в кино?
What did you talk about? - О чем вы говорили?
What things cannot you work without? - Без каких вещей ты не сможешь работать?

(Замечу, что во всех этих примерах возможен также вариант без инверсии:
With whom did you go to the cinema?
About what did you talk?
Without what things cannot you work?
Не уверен, но мне кажется, первый вариант чаще употребляется англичанами)

2. По логике, ваше предложение надо перевести так: - Для чего ты кричишь (плачешь) ?
Но, возможно, to cry for - это устойчивое выражение, имеющее другое значение. У меня словаря под рукой нет, поэтому не могу судить.

Особенность построения синтаксиса английского языка. For what - ближе к значению зачем. What... for - Близок к значению почему, или из-за чего. Зависит от ситуации в русском языке, но в английском обе ситуации обобщаются. Больше неопределенности дает слово crying, что можно перевести как плач, так и крик.

чтобы выделить интерес спрашивающего, из-за чего именно плачет пострадавший.

'What ARE you crying for?' О чем ты плачешь? "for"- в данном случае обозначает принадлежность, направленность действия
'Who are you waiting for?' Кого ты ждешь?
'What company are you working for? 'Где ты работаешь? (буквально: На какую компанию ты работаешь? )
Предлог ставится в конце предложения, поскольку сочетание глагола и предлога for - устойчивое выражение для данного типа предложений, они не разделяются в подобных случаях, это как бы единый глагол.