В чем разница между "структурой" и "содержанием" документа?

Структура документа - более общий термин, в котором отображаются понятия общие для области применения описания безотносительно к предметной области. Проще: здесь можно писать широкими мазками, не углубляясь в специфику программирования. Содержание предполагает разьяснение применяемых решений. Хотя бы в общем виде.
Сейчас наши великомудрые академические деятели пытаются вытравить предмет философии из кандидатского минимума.. . Дураки. В терминах философии: существует три категории: единичного, особенного и всеобщего. Всеобщее - это структура, особенное - содержание. Единичное - конкретный код с комментариями.