Какие экзамены надо сдавать в 9 и 11 классе чтобы поступить на таможню или в ж/д?

В 9-м все равно, что вы сдаете. Для будущего это не имеет большого значения. У сына в классе все сдавали на ГИА географию, потому что учительница была хорошая.
Найдите в Интернете Калькулятор ЕГЭ. Там по вузам вашего региона и узнаете, какие конкретно они требуют экзамены и сколько нужно набрать баллов на бюджет и платное.