Почему в СССР, при списании пишущих машинок, шрифт должны были сдавать в особый отдел. Чего боялись?

Чтобы отличить ввозимый самиздат от местного. (например НТС пыталось засылать миллионы книг в тч и "закошенных" под самиздат любыми способами, вплоть до разбрасывания с самолетов. )
Это правда не значит, что чего-то боялись...

загрязнения окружающей среды, пластины по моему из свинца были

Ничего. Ничего не боялись. Привычка осталась с 50-х когда на пишмашинках размножали антисоветчину-самиздат.
Машинок потом развелось хоть ...чем то ешь, а привычка осталась- забыли отменить- вот и продолжали сдавать, хотя никто уже ничего не проверял- слишком большой объем (невыполнимый объем) работы...

в особом отделе находились листки с текстами и ждали своего время на идентификацию. вот как только находился шрифт так и статья маячила хозяину.

Потому что все было под отчетом. Сколько взял-столько и отдать должен.