Кто должен платить заработную плату директору МУПа при ликвидации МУПа? Учредитель - муниципальный район или сам МУП?

Ну вообще "заработную плату" платит работодатель. Юридическое лицо, которое является работодателем, заключившим трудовой договор с работником. Могут быть разные учредители, совладельцы, акционеры, партнёры - зарплату платит работодатель.