Касперский при проверки удалит ли все вредоносные программы? Удалит ли он сам? или надо как то самой?

Нет. Например если специально не указать, он большие файлы не проверяет по умолчанию. Да и ни один антивирус не идеален.

удалит непременно и не только вредоносные