Какие побочные действия при попадание в жкт, глазных капель левомитицина?

Дисбактериоз, так как левомицетин - антибиотик.

Да никаких. Доза слишком мала, чтобы говорить даже о влиянии на кишечную флору.
Вы же не пьете эти капли регулярно?