К недостаткам импульсных рельсовых цепей можно отнести подверженность их влиянию аккумуляторного эффекта, особенно на участках с железобетонными шпалами, слабую защиту от воздействия помех постоянного и переменного токов. При питании от резерва (аккумуляторных батарей) действие АЛС прекращается. Практически при отключении высоковольтной, особенно при повторных отключеньях, не во всех случаях может быть обеспечена нормальная работа устройств автоблокировки. Использование аккумуляторных батарей усложняет содержание устройств.
Эти недостатки ухудшают эксплуатационно-технические характеристики системы в целом. Поэтому в 80-х годах наблюдалась тенденция к внедрению на линиях с автономной тягой кодовой автоблокировки переменного тока с двухцепной высоковольтной линией.