После форматирования и создания тома винчестер видится при загрузке с другого диска только как физический

такое бывает под операционки разных поколений. Отформатированный винчестер под ХР не видит 2000-я, после проверки средствами винды херит все файлы, вроде-бы после этого должно быть всё норм на ХР, но нет, до первой проверки Проверка опять похерит все файлы и переделает файловую винчестера под себя, потом 2000-й опять его не видит. Во всяком случае у меня такой весёлый баг был, при разбивке 80-ки на 4 диска. Третий и четвёртый стабильно не определялся в 2000-й винде. Возможно и у тебя что-то подобное. Инфы в вопросе маловато.