Дефрагментацию делать только для системного диска? Или стоит делать для всех дисков?

Для всех. Попробуй эту утилиту ☛ http://www.@auslogics.@com/@ru/software/@disk-@defrag/ - без @.

Должна быстрей и качественнее справится.

для всех где фрагментация больше 30%

Для всех. Не реже, раз в месяц.

для всех