Нужно ли заполнять декларацию о доходах руководителю муниципального учреждения за прошлый 2012 год?

Да, нужно.
Закон "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части создания прозрачного механизма оплаты труда руководителей государственных (муниципальных) учреждений и представления руководителями этих учреждений сведений о доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера", принят Госдумой 18 декабря 2012 года, одобрен Советом Федерации 26 декабря. Федеральным законом предусматривается дополнить статью 275 Трудового кодекса РФ положениями, согласно которым лицо, поступающее на должность руководителя государственного (муниципального) учреждения (при поступлении на работу) , и руководитель государственного (муниципального) учреждения (ежегодно) обязаны представлять сведения о своих доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера, а также о доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера своих супруга (супруги) и несовершеннолетних детей. В Федеральном законе определено, что он вступает в силу с 1 января 2013 года, а руководители государственных (муниципальных) учреждений должны будут представить сведения о своих доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера, а также о доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера своих супруги (супруга) и несовершеннолетних детей начиная с доходов за 2012 год