За несообщение в военкомат о замене паспорта никаких санкций вообще не предусмотрено. Да и за отсутствие отметки об отношении к воинской обязанности на 13 странице паспорта тоже никакой ответственности не существует, хотя эта отметка относится к категории обязательных. Так что спи спокойно, дорогой товарищ, твои денежки останутся целыми.
Кстати, этот штамп в паспорте предъявив военный билет ты можешь поставить и в ФМС. Совсем необязательно идти для этого в военкомат. Хотя ничего страшного в посещении военкомата в твоей ситуации я не вижу абсолютно. Ты свое уже отслужил. Причем ставят ее как в ФМС, так и в военкомате совершенно бесплатно. Никаких пошлин платить не нужно.
И еще один момент, твои новые паспортные данные конечно в учетной карте проставят, но в личное дело ничего вносить не будут, т. к. оно было передано в архив и оттуда его оттуда никто изымать не будет. А после исполнения тебе 27 лет оно вообще будет уничтожено.