Чего бы ты там не писал, но продлить отсрочку имеет право только районная призывная комиссия, причем только после проведения медицинского освидетельствования. А заявление на последипломный отпуск ты естественно должен писать на имя ректора, а когда этот отпуск тебе будет предоставлен, то выписку из приказа ты должен принести в военкомат, пройти все призывные мероприятия и получить решение призывной комиссии о продлении отсрочки на время этого отпуска. Только я не вижу никакого смысла в его получении, если ты не собираешься поступать в аспирантуру. Раньше призовут в армию, раньше вернешься.