Через 2 недели пришел за труд книжкой, ему отказались выдавать, т. к. он не закончил передачу мат ценностей по складу. За

В Трудовом кодексе нет различий при предупреждении работником об увольнении по собственному желанию - материально ответственное он лицо или нет. Обязаны выдать трудовую книжку и произвести все положенные ему расчеты (з/п и компенсацию за все дни неиспользованного отпуска) .
Теперь пусть работодатель проводит инвентаризацию и передачу материальных ценностей другому ответственному лицу, создав специальную комиссию. Уволенный работник в данном случае принимать участие не обязан. Все претензии по недостаче только по суду. Да и при работающем работнике - также по суду, если работник не признает за собой вины.

За каждый день задержки выдачи трудовой полагается средний заработок пропорционально дням задержки. Если месяц со дня увольнения не прошел, то пишите жалобу в суд. Еще можете написать жалобу в трудовую инспекцию своего региона. Адрес найдете на сайте Роструд. Можно по интернету.