Может ли договор найма считаться подтверждающим документом о наличии жилого помещения при подачи документов в ФМС?

нет-эти договоры "филькина грамота", договаривайтесь с собственником помещения.

Для иностранных граждан требуется разрешение администрации (собственника жилья ) если жильё муниципальное для оформления временного пребывания иностранных граждан на только определенный период, который включён либо в миграционную карту, либо сроком по РВП .При этом, наниматель жилья должен в заявлении на имя главы муниципалитета указать причину регистрации ИГ на его нанимаемом жилье (воссоединение семьи или другие родственные связи)