какой недостаток имеет трехпроводная схема измерения термосопротивления по сравнению с двухпроодной?

Ответ в вопросе-необходимость иметь третий провод.
Впрочем, недостаток не существенный, так на практике обычно применяют 4-х жильный кабель (от СК до КИП).