Почему в Photoshop cs6 контур создается на новом слое? раньше такого не было

Это всегда было, достаточно выставить create new shape layer (aka new layer в CS6), видимо у вас стоял режим combine shapes, либо при создании новых контуров вы зажимали shift. Это как бы базовые вещи, непонятно как вы умудрялись работать с контурами не зная таких элементарных основ.