При установке Linux Ubuntu все файлы, которые не на жестком диске D они там будет потом работать?

Что значит - файлы будут работать? Так как файловая система, скорее всего, NTFS, то диск можно будет спокойно примонтировать в файловую систему линукса, и файлы можно будет без проблем читать.. . Но, честно, говоря, я встречался с некоторыми глюками (нефатальными) при записи NTFS, поэтому рекомендую все-таки быть поосторожнее с такими дисками в лине.
И еще оффтопик. Линукс - это совершенно другая операционка, у нее другая экосистема. НЕВОЗМОЖНО вот так сразу взять и перейти на линь (даже если это ububtu или kubuntu, выглядящая точь-в-точь как винда) без предварительной подготовки, не умея толком работать даже с виндовс (это я не о вас, а вообще) и не зная того, как работает система. Линь - ОС для гиков, и как бы многим не хотелось, чтоб было по-другому, это до сих пор именно так. Будет дохрена глюков, будут ошибки и "ничего не работает". Короче, я предупредил)

если установишь вайн, то почти все пойдет, почти

там другая файловая система (ext3/ext4) -- совместимости не будет, и вероятно придется форматировать весь диск.

но однако если все сохранится, то прочитать данные c виндового (fat/ntfs) будет можно -- но это будет медленно и через костыль. ну еще нестабильно будет. так что никто так не делает.

все не будут, но вот картинки, документы, видео и пт. открываться будут

если ты конечно не установишь линукс ПОВЕРХ твоего диска Д ))))

ты сначала почитай как ставить совместно с виндой, а потом ставь. а то будешь потом спрашивать как недавно - "куда делись мои диски Д и Е" ))) открою тайну - там даже диска С нету ))
и ставь ubuntu 12.04 - она с длительной поддержкой.