Снимать машину с учета в с-пб надо там где тавил на учет или можно в любом МРЭО?

А зачем снимать? Транзиты действительны только 20 дней (для продавца, а для покупателя - лишь 5 дней) . А вот снятие и постановку на учет сделает новый хозяин за один раз в своем регионе (если покупатель и продавец находятся на территории России) .

Снимать с учета надо лишь в том случае, если у вас какие-то особенные номера и вы хотите их сохранить для будущего авто.