если речь идет о России, то вы лжете паспорта беженца у вас быть не может, так как такого документа в природе не существует! Есть "Удостоверение беженца" вот с ним видимо вам и отказал менеджер и он абсолютно прав !!!Что бы путешествовать за пределы (в любой стране не в только РФ ) беженцам требуется " проездной документ " в России он такой
читаем тут офиц сайт ФМС России если вам лень все читать, то вот выдергиваю то, что относится к вашему случаю "Лицу, признанному беженцем, выдается удостоверение беженца. Удостоверение является документом, удостоверяющим личность владельца, и дает право на нахождение в Российской Федерации.
Для выезда за пределы Российской Федерации беженцам оформляется проездной документ" !