Чем отличается один день в счет отпуска и доп.вых.день в счет отпуска? И как они оплачиваются?

ни чем они не отличаются, их просто не существует. нет в ТК РФ таких понятий.
можно, с согласия работодателя, разделить ежегодный отпуск на части: одна часть обязательно 14 к.д., вторую часть хоть по одному дню делите, если работодатель согласен.
очередной отпуск предоставленный на 1 день оплачивается в установленном законом порядке, т.е. по среднему заработку.