Нужно ли вычитать время обеда и перерыва из рабочего времени?

Время обеденного перерыва нужно. Прочие, такие как: технический перерыв, санитарный (напр-р, для тех, кто работает со сваркой или за монитором компьютера) перерыв и т. д. - не нужно вычитать.

вычитай

Да, нужно.
Ст. 108 ТК РФ
В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается.

по общему правилу не включается это время в рабочее.
но:
на отдельных видах работ предусматривается предоставление работникам в течение рабочего времени специальных перерывов, обусловленных технологией и организацией производства и труда. виды этих работ, продолжительность и порядок предоставления таких перерывов устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.
работникам, работающим в холодное время года на открытом воздухе или в закрытых необогреваемых помещениях, а также грузчикам, занятым на погрузочно-разгрузочных работах, и другим работникам в необходимых случаях предоставляются специальные перерывы для обогревания и отдыха, которые включаются в рабочее время. работодатель обязан обеспечить оборудование помещений для обогревания и отдыха работников.