Здесь две проблемы: предпринимательская деятельность и установка ПО.
Начну с конца:
Устанавливать Linux Вы можете без отчислений кому-бы то ни было. А вот про Windows наоборот - за каждую установку Microsoft должен получить деньги. Т. е. или клиент должен оплатить лицензию, или Вы. В противном случае Вы (как установщик ПО) , можете быть привлечены к ответственности за установку контрафактного ПО.
Теперь первое: любое получение оплаты за труд обкладывается в России налогом, который Вы обязаны оплатить. Если этого нет, то Вы также можете быть привлечены к ответственности за неуплату налогов.
К счастью, такие случаи редки. Но, к сожалению, не невозможны.