Если Вы будете получать вычет через работодателя и при этом поменяете работу в течение года, то до конца года вычет Вам больше предоставляться не будет (так как в соответствии с позицией ФНС повторное уведомление в течение одного календарного года получить нельзя в связи с тем, что оно выдается только раз в год и только на имя конкретного работодателя).
Да и зачем Вам это? Больше проблем. Оформляйте через ФНС путем подачи Декларации формы 3-НДФЛ. Во-первых: каждый год брать от ФНС уведомление, писать заявления у работодателя, "терять" как минимум месяц (30 дней дается ФНС для подтверждения права на вычет). Во-вторых: та же самая смена работы, в-третьих: время получения имущественного вычета растягивается, в-четвертых: не каждый бухгалтер с охотой согласится применять льготу из опасения привлечь внимание ФНС, в-пятых: невозможно учитывать доходы, получаемые из других источников, с которых, тем не менее, покупатель недвижимости исправно платит НДФЛ и т.д. Но решать Вам, конечно...
это невыгодно
лучше получить сумму сразу, чем растягивать на год