Крупнейшая река — Мста.
В пределах города в р. Мсту впадают ее притоки Круппа и Вельгия.
Реки Боровичского района:
Белоручка (приток Быстрицы)
Быстрица (приток Вельгии)
Вельгия (река)
Верегжа
Волжанка (река)
Выдрица (приток Мсты)
Голоховка (приток Вельгии)
Деготница (приток Увери)
Дора (приток Выдрицы)
Жадинка (приток Мсты)
Жужилка
Залезенка (приток Щуки)
Кадвиша (приток Удины)
Каменка (приток Быстрицы)
Каменка (приток Шегринки)
Круппа (приток Мсты)
Лимандровка (приток Увери)
Омитица
Омша
Понеретка
Сивельба
Ситница (река, впадает в Ямное озеро)
Сухая (приток Увери)
Съежа
Уверь
Удина (река, впадает в Коробожу)
Хадрица
Хмелевка (приток Доры)
Черишинка (приток Увери)
Шабодерка
Шегринка
Шилоката
Щука (приток Мсты)
Юринка (приток Мсты)
Ну Мста через Боровичи протекает. Рядом вижу р.Белоручка