Могут ли системы ПВО сбивать гражданские воздушные суда случае вторжения в границы? ( с пояснением)

Нет, не могут. Только принуждать к посадке.

могут и такое уже имело место с Корейским самолетом, да и не только. А пояснения просты...суверенность государства и установленная процедура пересечения его границ, независимо сухопутных, воздушных или подземных. Есть порядок действий по идентификации нарушителя, принуждения к посадке и т.п., но это не умаляет право на физическое устранение нарушителя.