Нужно ли заключать трудовой договор ген директору, если он является единственным должностным лицом, а учредителей двое

Да, обязательно!
Даже если ген. директор единственный сотрудник юр. лица, то и тогда он является работником, а юр. лицо - работодателем и на их трудовые отношения распространяются нормы ТК РФ.

никакой трудовой договор не нужен, если не ведешь деятельности.... просто информацию о численности и нулевую декларацию отправь по фондам и в налоговую

Если ООО, то да.