написал заявление на отгул, отгулял, а начальник говорит, что у меня прогул, он прав?

А приказ на отпуск без сохранения заработной платы был оформлен? Если был договор на словах, то ничего не доказать.

Вопрос за что "отгул" и как это оформленно? Если за работу в выходной день, донорство и т. д. Вы дожны были написать когда будете использовать положенный день отдыха. Причём заявление пишется сразу когда Вас привлекают к работе в выходной день или предоставляете справку о донорстве.