15 января 1478 года, после приведения к присяге на подданство и полное повиновение великому князю Ивану III всех жителей Новгорода, прекращает свое существование Новгородская республика. После череды войн с Москвой (Московско-новгородские войны 1456, 1471 и 1477—1478 годов), голода, опустошения и болезней город утрачивает свою независимость. Вече было отменено, вечевой колокол увезён в Москву; власть в городе получают великокняжеские наместники. Многие боярские семьи были высланы из Новгорода. Именно благодаря этому в Москве возникает Лубянка после того, как Иван III приказал новгородцам, проживавшем в новгородском районе Лубяница и выселенным в Москву после падения республики, селиться в этом месте. Ими же была построена церковь Святой Софии, по подобию Софийского собора в Новгороде. Тогда же было проведено перераспределение конфискованных усадеб и земель. В 1494 году, воспользовавшись казнью двух русских в Ревеле как поводом для разрыва связей с Ганзейским союзом, Иван III закрывает ганзейскую контору в Новгороде и конфискует все товары (общей стоимостью в сто тысяч гривен) . Тем не менее, была сохранена система местного самоуправления, за Новгородом сохранялось право чеканить собственные деньги (новгородская денга) , было возвращено право дипломатических отношений с соседними странами.