Кто может объяснить доходный метод как используется в бухгалтерском учете? Затраты вообще не учитываются?

смешались мед, говно и пчелы) )

если есть бухучет, то вы на общем режиме. Упрощенцы его не ведут. Только книгу доходов и расходов.
если вы на упрощенке, то документы у вас быть должны в сохранности в течение 4-х лет. А вот базу по УСН 6% считаете только с доходов, полученных кассовым методом (по поступлению денег или ценностей)