как ученые-археологи узнали о существовании древнегреческих городов на территории Кубани?

Раскопки совершали, и узнали. Потом, византийские хроники много сохранили. Там ведь не только полисы были, но и целое Боспорское царство о котором известно от греко-римских историков.