Должен ли я проходить диспансеризацию в военкомате по месту прописки или в любом военкомате?

Именно диспансеризацию вообще-то в поликлинике по месту жительства проводят, а не в военкомате. А если это медицинское освидетельствование в связи с первоначальной постановкой на воинский учет в году исполнения 17 лет, то его действительно проводят только в военкомате по месту регистрации.