Потому что климат сухой и потому что воду разбирают на хозяйственные нужды
Читай: В связи с максимальным использованием речной воды на нужды народного хозяйства Сырдарья с 1974 года не доносит свои воды до Аральского моря: она пересекает Кызылкум, Арыскум и Приаральские Каракумы и теряется в песках.
Еще: Некогда четвертое по величине озеро в мире - Аральское море - усыхает в течение четырех десятилетий. К 1995 году море потеряло три четверти своего водного объема, площадь поверхности сократилась более чем на половину, уровень воды упал на 19 метров. Море отступило от берегов на 100-150 км, оставляя за собой свыше 33 тысяч квадратных километров бывшего морского дна, с которого выдуваются и выносятся далеко за пределы Аральского моря более 100 млн. тонн соленой пыли в год. В ее составе преобладают взвешенные частицы в виде аэрозолей с примесью сельскохозяйственных ядохимикатов, удобрений и других вредных компонентов промышленных и бытовых стоков. Воды рек уже не доходят до нынешнего морского побережья, теряются в песках.
http://analytics-iss.ru/articles/library/lib_ek_20_02_02.htm
Амударья практически целиком разбирается на орошение в Узбекистане, соответственно остатки ее вод теряются в песках. Впрочем узбекское правительство это совсем не беспокоит. Сырдарья с расходом 30 куб м/с впадает в Северное Аральское море на территории Казахстана