Самуи - это остров: ) В Тае поезда забавные, конечно, но вплавь пока не могут.
Можно взять билеты до Бангкока, оттуда поехать на улицу Као Сан. С Као Сана каждый день утром и вечером есть маршруты до Самуи (тур автобус+лодка+небольшая кормежка) , стоит 1200-2000 рублей. Цена и время отправления зависит от туроператора. Ехать, правда, часов 20. Там же на Као Сане, если на автобус не успеете, можно перекантоваться за дешево, цены от 200 бат/сутки за комнату.
У Airasia были пакетные туры: перелет из Бангкока (аэропорт Дон Муанг) +лодка. В прошлом году около 2000 стоили. Из РФ самолеты приземляются в аэропорте Суварнабхуми, нужно будет взять такси (где-то 300 бат, около часа езды) и доехать до Дон Муанга.
Что же касается сайтов по продаже билетов. Есь одна хитрость, вас могут запомнить, и в следующий раз показать цену повыше. Поэтому ходите через режим инкогнито в браузере.