Как составить письмо-запрос на предоставление актов на списание материалов со складов структурных подразделений?

Да никак. Перед самой инвентаризацией издается приказ, в нем прописывается когда должна начаться инвентаризация и когда закончиться, какие структурные подразделения участвуют и назначаются ответственные лица: "председатель" и члены комиссии. С приказом ознакомить ответственных лиц. Вот после этого, если кто из ответственных Вам не сдал документы, можете делать приказ на ВЫГОВОР! Ответственные сразу Вам на блюдечки все недостающие акты принесут. А уж если Вы вовремя не издали приказ о проведении инвентаризации, то попросить подразделения о недостающих документах Вы имеете право в произвольной устной форме. Кому нужны лишние письма не имеющие никакой "силы".