Как сделать контейнер высотой 100%, использую bootstrap

Вариант 1. С помощью жабаскрипта вычислять высоту рабочей области браузера (так как даже на одинаковых мониторах она может отличаться по разным причинам) и присваивать такую же высоту контейнеру.

Вариант 2. Абсолютное позиционирование http://jsfiddle.net/vSz9j/1/

Вариант 3. Плясать от html, body, задавая им и всем дочерним элементам 100% высоту, что разумеется неудобно.

PS: я не понял о каком конкретно контейнере речь, потому что ты там такого бреда наворотила, что без поллитры не разберешь. Потому первый вариант скорее всего будет проще. И разберись с иерархией компонентов в бутстрапе.