Как обжаловать почерковедческую экспертизу, которая проводилась на доследственной проверке?

Обжаловать можно при помощи соответствующего ходатайства, естественно, аргументированного. Независимая экспертиза ничего не даст, это не экспертиза, а мнение специалистов и никогда это мнение не будет стоять выше, чем заключение экспертов государственных учреждений. Это трата времени, денег и нервов.

В зависимости от обстоятельств. А обжаловать надо не экспертизу, а постановление об отказе. ст. 124 и 125 УПК РФ. То есть в прокуратуру или в суд.