могут ли физические упражнения повлиять на гены?

могут и влияют, так же как и интеллект, чем старше, крепче и умнее, тем сильнее, здоровее и умнее дети.

Ты имеешь в виду передачу физической силы и формы потомству? Да, может - но для этого хорошая физическая форма должна быть у обоих родителей, и эта ситуация должна повторяться в течение хотя бы десятка поколений. Тогда потомство начнет рождаться с ощутимыми признаками именно этого типа.