Как можно вести учет кремов на разлив? Подозреваю, что администратор ворует

Очень просто. Вы же знаете какие и сколько процедур прошло за смену? Знаете сколько расход на то или иное. Все измеряется путем взвешивания флакона или банки.
Можно выдать косметологу все средства, материалы и он пусть сам списывает в тетрадь согласно количеству проведенных процедур. Но для этого требуется алгоритм процедур и нормы расходования средств. Второй вариант минует вмешательство администратора в процесс.