Зачем нужен НДС, если он в полном объеме возвращается организации-его плательщику?

В интернете на разных сайтах я читал, что организация-плательщик НДС возвращает себе только часть заплаченного государству НДС (разницу между чем-то и чем-то, уже не помню). А как-то я спросил бухгалтера нашей компании про возврат НДС, и получил ответ, что ндс возвращается в полном объеме. И какой смысл тогда его платить? Вообще, в счет-фактуре, используемой для возврата НДС, указана цена товара без НДС, сумма НДС, и сумма товара с учетом НДС. То есть поставщику фирма платит сумму без НДС, сумму НДС платит государству, а потом экземпляр счет-фактуры отправляет в налоговый орган, для того, чтобы заплаченное НДС вернуть (в полном объеме). Я правильно понимаю? А что будет, если, например, поставщик пришлет только товарную накладную, а счет-фактуру не пришлет? (при том, что он-плательщик НДС). В этом случае компания заплатит НДС государству (сумма НДС указывается не только в счет-фактуре, но и в товарной накладной), а потом этот НДС не сможет себе вернуть из-за отсутсвия счет-фактуры? Так?