ИП не является плательщиком НДС, но оказывает услуги организации которая является плательщиком НДС. Как выписать счет?

Если ваше ИП работает не на ОСН, то счет выписывайте без НДС.

Счет выставляете без НДС. Правда, заказчик может отказаться от ваших услуг. Т. к. он теряет 18 %.

На своем предприятии мы выписываем счет с НДС

Если вы не на ОСНО, то вам счет и акт выполненных работ надо делать без учета НДС.

ИП (УСН) выставление документов без НДС

Вы не можете выставить НДС организации ...так как Вы его не платите. Единственно, что Вы можете все материалы купленные с НДС провести через организацию для которой выполняете работы.

А вообще вам нужно иметь два юр лица.. . с двумя системами бух учета...

Счет и все документы по реализации оформляется без НДС, независимо от того, на какой системе налогообложения находится плкупатель. Однако, если вы применяете УСН, как исключение, можете выписать счет с НДС и выдать счет-фактуру покупателю, НО, весь полученный НДС вы будете обязаны заплатить в бюджет, подать декларацию по НДС за тот квартал, когда получили оплату с НДС и, кроме того, у покупателя могут быть проблемы с вычетом по выставленному вами счету-фактуре и, возможно, им придется доказывать в суде правомерность такого вычета. Хотя арбитражная практика в большинстве случаев на стороне налогоплательщиков, а не налоговых органов.