Хотим сделать безвозмездную помощь в организацию в которой являемся учредителем, как нам оформить проводки?

Как обычно в России: "являемся учредителями" - это когда одно физлицо является учредителем нескольких ОООшек ("на Руси это называют "холдинг").

Лучше оформить договор займа беспроцентный: деньги просто им дайте, а через 3 года спишите

Какаето странная схема. очень похоже на отмывку денег, если честно.

Смотря какая организация, коммерческая или некоммерческая? Если коммерческая, то лучше в уставной капитал!

Оформляете договор беспроцентного займа и делаете проводки 51(50)/76,09 на данного учредителя

Безвозмездные поступления - их приход отражать - гемор. Может, если это что-то от учредителя - тогда там какое-то исключение, но вообще, когда что-то приходит безвозмездно - в России это гемор. Как бы им с этого дела налог на прибыль не пришлось платить.. .

А в уставный капитал - не придется ли это дело регистрировать в налоговой? Не связано ли это в внесением изменений в Устав?

если у вашего учредителя более 50%-то просто 50.01-75.02...
если нет цели улучшить показатели баланса-то проще сделать как заём...