Работник увольняется с 2-х недельной отработкой, но на работу в эти 2 недели не выходит. Какие могут быть последствия?

2 последних недели - это НЕ отработка.
Это работа! Оплачиваемая работа.
Соответственно, до последнего дня работник должен ходить на работу и добросовестно выполнять свои трудовые обязанности.
В противном случае - увольнение по ст. 81.

Увольнение по статье за прогул

Могут не отдать трудовую книжку, пока не отработает. Всё - на усмотрение начальства.

уволят за прогул. На следующей работе можно просто сказать, что трудовая утеряна.

Может быть он заболел и предоставит листок нетрудоспособности