надо выдать сотруднику 50.тыс руб, как лучше оформить, как материальную помощь или как премию???

Что значит ВЫДАТЬ? На какие цели? На заплату. , премию, хоз. расходы, займ ...или просто так, чтобы покрыть недостачу? Где конкретика?

Из этих двух вариантов по сути не важно. И с того и с другого придется заплатить НДФЛ и страховые взносы.
Если не хотите ничего платить, то можно сделать договор займа. Этот займ правда все равно когда-то придется вернуть. Но это можно будет сделать лет через 10

Премию в затраты можно, а мат. помощь за свой счет.

девушки забыли, что мат. помощь до 4 тыс не облагается НДФЛ... а мат. помощь по случаю рождения ребенка со всех 50 тыс не облагается.. .
я бы оформила как подарок-дешевле заплатить НДФЛ и сэкономить на взносах...