Как вести бухгалтерию интернет магазина?

Вы не спамьте товарищ, затрахали уже! ИП заведи и делай все как надо.

Судя по вопросу Вам понадобится бухгалтер, который поможет с этим вопросом
А если Вы имели ввиду про бумажную составляющую для клиентов, то как и в обычном магазине с помощью управленческой программы например вебер-ас или вручную

нет бухгалтерии магазина или интернет-магазина.. .
есть бухгалтерия организации. .
есть налоговый учет организаций и ИП-его ведут в соответствии с выбранной системой налогообложения.. (для вас это УСН или ОСНО)

Без бухгалтера вам никак не обойтись. Можно нанять удаленного. Пишите в личку. ДОГОВОРИМСЯ...

Отдайте на аутсорс магазин свой. Или к онлайн-бухгалтерии подключитесь: https://moedelo.org. Там вам и подскажут, что и как.